Sie gehört zu den traditionsreichsten und ältesten Universitäten Deutschlands und ist ein Mitglied der Coimbra-Gruppe. Im Bereich der Optik machten Ernst Abbe , Carl Zeiss und Otto Schott die Universität weltweit bekannt.
Der heutige wissenschaftliche Lehrbetrieb ist in folgenden Fakultäten organisiert alphabetisch geordnet :. Das Jahr gilt als Gründungsjahr der Universität, die damals Salana bzw. Collegium Jenense genannt wurde. Dieser Plan wurde von seinen drei Söhnen ausgeführt, die am In der Stiftungsurkunde des römisch-deutschen Königs und späteren Kaisers Ferdinand I.
August die Rechte einer Universität verliehen, die mit ihrer feierlichen Eröffnung am 2. Februar in Anwesenheit des regierenden Herzogs Johann Friedrich auch ihren Lehrbetrieb aufnahm. Im späten Jahrhundert war die Universität während der theologischen Lehrstreitigkeiten unter den Reformatoren Mittelpunkt der lutherischen Orthodoxie mit dessen streitbarem Repräsentanten und Professor Matthias Flacius. Die Dozenten hatten das Recht, Studentenn bei sich mit Speise und Trank zu verköstigen und zu diesem Zweck das Privileg der Braufreiheit.
Da die Dozenten so in wirtschaftliche Abhängigkeit von den Studenten gerieten, zeigten jene sich ihren Schützlingen auch vor dem Universitätsgericht überaus nachsichtig. Unter der Regierung bis des Herzogs Carl August und seines Rats und Ministers Johann Wolfgang Goethe gewann der neue Geist Weimars an Einfluss auch in Jena, was zu einer zweiten Blütezeit der Universität führte.
Auf sein Betreiben etwa wurde Friedrich Schiller hier Professor, mit dem ihn ab — bis zu dessen Tod — eine enge Freundschaft verband. Aber auch die literarischen Richtungen der frühen Romantik mit August Wilhelm Schlegel , seiner Frau Caroline Schlegel , Friedrich Schlegel , Ludwig Tieck , Clemens Brentano und Friedrich von Hardenberg fanden hier eine hervorragende Pflegestätte. Die hier gegründete Allgemeine Literatur-Zeitung , die ab bis als Jenaische Allgemeine Literatur-Zeitung fortgeführt wurde, sowie die von Friedrich Schiller herausgegebenen Horen , mehrten durch ihre Autoren und Beiträger, zu denen die angesehensten Dichter, Philosophen und Publizisten der Zeit gehörten, die Bedeutung der Stadt Jena als literarisch-intellektuelles Zentrum.
